Làm thế nào để giảm thiểu sai số trong khối phổ liên kết ngang

Khối phổ liên kết ngang (XL-MS) đã hỗ trợ các nghiên cứu quốc tế mang tính bước ngoặt - từ lập bản đồ tích hợp phức hợp lỗ rỗng hạt nhân của con người đến phân tích trong tế bào trên toàn proteome bằng cách sử dụng các liên kết có thể phân tách MS như DSSO và công việc tương tác protein SARS-CoV-2 nhanh chóng. Các ứng dụng bao gồm sinh học cấu trúc và mô hình tích hợp (hạn chế cho cryo-EM / NMR), tương tác tự nhiên, động lực cấu hình định lượng (QCLMS), kiến trúc chromatin / RNP, ánh xạ biểu mô và giao diện cho sinh học, và các nghiên cứu cơ chế hoạt động trong virus học và khám phá thuốc. XL-MS bổ sung cho các phương pháp cổ điển bằng cách nắm bắt các hạn chế về khoảng cách trong dung dịch và thậm chí tại chỗ, cho phép hiểu rõ hơn về cấu trúc ở cấp độ hệ thống.

(Cơ chế phân tử tương tác giữa SARS-CoV-2

Và tế bào chủ và liệu pháp can thiệp | Truyền tín hiệu và liệu pháp nhắm mục tiêu)

Khối phổ liên kết ngang (XL-MS) là một cách mạnh mẽ để lập biểu đồ tương tác protein-protein, nhưng nhiều phòng thí nghiệm vẫn phải vật lộn với các kết quả dương tính giả làm mờ sinh học thực và đưa ra quyết định chậm. Tại Longlight Technology, chúng tôi giải quyết vấn đề tại nguồn gốc của nó - hóa học chặt chẽ, chuẩn bị lặp lại và phân tích minh bạch - để bạn có thể tin tưởng vào bản đồ bạn xây dựng.

1) Tại sao dương tính giả xảy ra – và cách họ len lỏi vào

Dương tính giả hiếm khi bắt đầu ở giai đoạn phần mềm. Họ bắt đầu từ băng ghế dự bị. Liên kết ngang quá mức đẩy protein thành các cặp phi sinh lý. Làm nguội dưới mức để lại các nhóm phản ứng tiếp tục liên kết trong khi bạn xử lý mẫu. Quá trình tiêu hóa enzyme vội vã hoặc không nhất quán tạo ra các loài peptide giả mạo như các liên kết chéo thực sự. Thêm ma trận phức tạp và bóng bay không gian tìm kiếm, làm cho quang phổ ranh giới trông thuyết phục.

Thực tế hàng ngày làm tăng thêm rủi ro. Một bộ đệm được chuẩn bị hơi tắt. Quá trình dập tắt kéo dài 5 phút. Một lô enzyme khác. Không có sai lầm nào trong số này có vẻ kịch tính một mình, nhưng chúng cùng nhau thúc đẩy Khối phổ liên kết chéo đến lỗi. Kết quả là một bộ dữ liệu "trông phong phú" nhưng đòi hỏi hàng giờ phân loại để tìm ra những gì thực sự quan trọng.

Bất chấp những cạm bẫy này, XL-MS có những điểm mạnh độc đáo mà bạn không muốn cùn. Liên kết ngang hóa học kết hợp với khối phổ ổn định các phức hợp trước khi phân tích, bảo tồn các tương tác tồn tại trong thời gian ngắn hoặc yếu, đồng thời cung cấp manh mối không gian về sự sắp xếp và kết nối protein. Nó hỗ trợ protein cấu trúc, có thể được thực hiện trong tế bào và không yêu cầu nhãn đặc biệt. Mục tiêu không phải là làm chậm phương pháp - đó là loại bỏ tiếng ồn mà không làm giảm tốc độ.

✅ Những điểm khó khăn phổ biến mà chúng ta thấy

• Các liên kết chéo không đặc hiệu được hình thành trong quá trình chuẩn bị mẫu

• Các liên kết chéo có độ phong phú thấp bị chôn vùi bởi các peptide dồi dào

• Tiêu hóa không hoàn toàn hoặc không đồng đều tạo ra hiện vật

• Tìm kiếm rộng kết hợp với các bộ lọc khoan dung trong phân tích dữ liệu

Những vấn đề này có thể giải quyết được bằng chế độ xem hệ thống thay vì khắc phục một bước.

2) Ánh sáng dài‘Phương pháp tiếp cận hệ thống để giảm dương tính giả

Quan điểm của chúng tôi rất đơn giản: coi Khối phổ liên kết ngang như một chuỗi kết nối – Hóa học, chuẩn bị, phát hiện và giải thích. Chúng tôi thiết kế kế hoạch liên kết chéo xung quanh câu hỏi sinh học và loại mẫu của bạn, sau đó giữ các điều kiện chặt chẽ, được ghi lại và có thể lặp lại.

✅ Làm giàu RNới SIgnal Mộtbò NOise

Một peptide liên kết ngang rất hiếm theo định nghĩa. Chúng tôi nhấn mạnh việc làm giàu có chọn lọc sau khi phân hủy để nâng cao tỷ lệ của nó trước khi thiết bị nhìn thấy mẫu. Đầu vào sạch hơn làm giảm nhận dạng mơ hồ và giảm tỷ lệ phát hiện sai hiệu quả của bạn. Hiệu quả là thiết thực: tự tin hơn với ít cứu hộ thủ công hơn ở hạ lưu.

✅ Năm Habits rằng Compound vào CLeaner DAta

• Bắt đầu với kế hoạch liên kết chéo theo câu hỏi, không phải giao thức một kích thước

• Kiểm soát liên kết, nhiệt độ và cửa sổ làm nguội với cùng một kỷ luật mỗi lần chạy

• Chuẩn hóa tiêu hóa và làm sạch để hạn chế các chất giống peptide

• Sử dụng làm giàu có mục tiêu để tăng năng suất peptide liên kết ngang trước MS

• Đặt và ghi lại các ngưỡng phân tích gắn liền với mục tiêu học tập, sau đó tuân thủ chúng

Kỷ luật này duy trì các điều kiện chiến thắng của XL-MS: thông lượng cao, khả năng ứng dụng nội bào và không có nhãn đặc biệt. Khi một cuộc gọi cấu trúc quan trọng, chúng tôi khuyên bạn nên ghép nối Khối phổ liên kết ngang với các phương pháp trực giao như cryo-EM hoặc tinh thể học tia X. Sự kết hợp này thu hẹp rủi ro diễn giải từ bất kỳ công nghệ đơn lẻ nào và giúp xây dựng các mô hình mà nhóm của bạn có thể bảo vệ.

Cái gì “PRactical“ Looks như trong Vàcủa chúng tôi Ltắt

Chúng tôi không yêu cầu bạn thay đổi khoa học của mình - chỉ để khóa các biến số quan trọng. Bạn nhận được một kế hoạch có dấu thời gian, kiểm tra thuốc thử và một danh sách ngắn các điểm kiểm soát mà các kỹ thuật viên thực sự có thể theo dõi. Đầu ra không chỉ là dữ liệu sạch hơn; Đó là một quá trình bạn có thể lặp lại trong quý tới với các mẫu mới và cùng một sự tự tin.

CTA: Bạn muốn ít dương tính giả hơn và bản đồ tương tác sắc nét hơn? Nói chuyện với Longlight Technology về gói XL-MS dựa trên câu hỏi phù hợp với mẫu và dòng thời gian của bạn.

(Khối phổ liên kết ngang phát hiện ra sự tương tác giữa các lipoprotein mật độ cao

và SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein – ScienceDirect)

3) Từ mẫu đến báo cáo: Dịch vụ XL-MS đầu cuối mà bạn có thể kiểm tra

Bạn có thể vận chuyển vật liệu liên kết chéo trước hoặc chúng tôi sẽ giúp thiết kế chiến lược liên kết ngang và sau đó nhận mẫu. Từ đó, nhóm của chúng tôi chạy quá trình tiêu hóa enzyme, làm giàu chọn lọc, phát hiện khối phổ liên kết ngang và phân tích dữ liệu có cấu trúc. Báo cáo cuối cùng cho thấy các mạng tương tác và các trang web liên kết chéo với các phương pháp rõ ràng, vì vậy nhóm của bạn có thể lặp lại, mở rộng quy mô hoặc tích hợp với các nghiên cứu khác.

Cái gì Vàhoặc Receive, Step bởi STEP

Lập kế hoạch → chiến lược liên kết chéo → tiêu hóa → làm giàu → phát hiện → giải thích. Mỗi bước bao gồm các điểm kiểm tra và ghi chú. Nếu có điều gì đó trôi dạt, chúng ta có thể thấy ở đâu và tại sao. Khả năng truy xuất nguồn gốc đó làm giảm sự mơ hồ và giữ cho tốc độ khám phá của bạn ổn định mà không cần chữa cháy liên tục.

Sản phẩm XL-MS của chúng tôi nằm trong hệ sinh thái sản phẩm và dịch vụ rộng lớn hơn được thiết kế để giúp phòng thí nghiệm của bạn phát triển. Chúng tôi hỗ trợ bộ gen và protein hiện đại bằng các công cụ tiên tiến, thuốc thử đáng tin cậy và vật tư tiêu hao phù hợp với mục đích. Tính liên tục đó rất quan trọng: càng ít bàn giao giữa các nhà cung cấp, thì càng dễ dàng duy trì chất lượng giữa các dự án.

Ngoài khối phổ liên kết chéo, chúng tôi cho phép các ứng dụng bổ sung mà nhiều nhóm chạy song song. Đối với các câu hỏi về protein-nhiễm sắc, chúng tôi hỗ trợ ChIP-seq, kết hợp kết tủa miễn dịch nhiễm sắc với giải trình tự thế hệ tiếp theo để xác định chính xác các vị trí bộ gen bị liên kết bởi các yếu tố phiên mã hoặc histone cụ thể. Đối với quy trình làm việc hàng ngày, chúng tôi cung cấp vật tư tiêu hao và bộ dụng cụ - gel agarose đúc sẵn, chất nhặt axit nucleic, ống Qubit, bộ dụng cụ chiết xuất axit nucleic và bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện - để bạn có thể duy trì các tiêu chuẩn nhất quán từ khi lấy mẫu đến khi cung cấp dữ liệu.

Tại sao TEams CCông nghệ hoose Longlight

• Một đối tác duy nhất cho hóa học, thiết kế quy trình làm việc và phân tích XL-MS

• Các phương pháp rõ ràng, có thể kiểm tra quy mô từ thí điểm đến sản xuất

• Dụng cụ, thuốc thử và vật tư tiêu hao hỗ trợ bộ gen và protein dưới một mái nhà

Phần thưởng không phải là trừu tượng. Ít dương tính giả hơn có nghĩa là quyết định nhanh hơn, số liệu đáng tin cậy hơn và ít thời gian tranh luận với dữ liệu của chính bạn. Các nhà khoa học của bạn có thể tập trung vào sinh học, không phải phân loại. Các bên liên quan của bạn thấy tiến bộ chứ không phải cảnh báo. Và các mô hình của bạn sẽ chuyển sang chương trình tiếp theo với ít chỉnh sửa hơn và bằng chứng mạnh mẽ hơn.

CTA: Bạn đã sẵn sàng thắt chặt đường ống XL-MS và giảm tiếng ồn tại nguồn? Liên hệ với Longlight Technology để lên lịch tư vấn ngắn gọn. Chúng tôi sẽ phác thảo quy trình làm giàu peptide liên kết chéo để bảo vệ tính đặc hiệu, tăng tốc độ phân tích và làm cho dữ liệu Khối phổ liên kết chéo của bạn dễ tin cậy hơn - chạy hết lần này đến lần khác.