Nói lời tạm biệt với gel chậm với bộ đệm chạy nhanh

Fast Running Buffer là một bộ đệm điện di có độ bền ion thấp được thiết kế cho các gel agarose nhanh chóng, đáng tin cậy. Nó cắt giảm 30 phút điển hình xuống chỉ còn vài phút trong khi vẫn giữ cho các ban nhạc sắc nét và dễ diễn giải. Ngày nay, nó được sử dụng rộng rãi trong nhân bản thông lượng cao, quy trình giải trình tự thế hệ tiếp theo, CRISPR và các dự án chỉnh sửa gen khác, cũng như các nghiên cứu phiên mã và điều hòa gen. Nhiều nhóm nghiên cứu dựa vào nó khi họ cần kiểm tra nhanh chóng giữa các bước thử nghiệm quan trọng mà không phải hy sinh khả năng phục hồi DNA hoặc hiệu suất hạ nguồn. Nhưng gel nhanh hơn chỉ là một phần của câu chuyện. Chính xác thì bộ đệm này đạt được tốc độ mà không bị hỗn loạn như thế nào và nó có ý nghĩa gì đối với các thí nghiệm hàng ngày của bạn? Đó là những gì chúng ta sẽ khám phá tiếp theo.

(Chỉnh sửa gen CRISPR / Cas9 | Phòng thí nghiệm Krogan)

Tại sao lại là Slow Gels mộtGiữ phòng thí nghiệm của bạn trở lại

Nếu bạn chạy gel mỗi ngày, bạn sẽ biết điều này xảy ra thường xuyên như thế nào: bạn chuẩn bị agarose, nạp mẫu, bắt đầu chạy... và sau đó nhìn chằm chằm vào một mặt trước thuốc nhuộm đang dần tiến lên. Kiểm tra "nhanh" 30 phút nghe có vẻ vô hại trên giấy tờ, nhưng trong lịch trình phòng thí nghiệm thực tế, nó tăng lên nhanh chóng.

Mỗi gel chậm có nghĩa là:

• Bể điện di bị chiếm dụng lâu hơn mức bình thường.

• Bạn đợi để xác nhận các bước PCR, thông báo hoặc nhân bản trước khi tiếp tục.

• Các tác vụ xuôi dòng như liên kết, chuyển đổi hoặc giải trình tự bị đẩy lùi.

Hơn một tuần nhân bản, chỉnh sửa CRISPR, phiên mã hoặc sàng lọc, những lần chạy nửa giờ đó lặng lẽ ngốn một phần lớn thời gian của bạn. Thông lượng giảm, dòng thời gian trượt và "Tôi vẫn đang chờ gel" trở thành một cái cớ quen thuộc.

Đẩy gel TAE hoặc TBE tiêu chuẩn mạnh hơn hiếm khi là câu trả lời. Tăng điện áp thường mang lại các vấn đề: quá nóng, băng tần bị méo và di chuyển không nhất quán. Sau một vài trải nghiệm tồi tệ, hầu hết các đội đều quay trở lại điều kiện bảo thủ - chấp nhận gel chậm như một nút thắt cổ chai "cần thiết".

Fast Running Buffer được thiết kế cho chính xác điểm khó khăn này. Đó là một bộ đệm cường độ ion thấp cho phép bạn thu nhỏ các khoảng cách điển hình ~ 30 phút xuống khoảng 5 - 10 phút trong khi vẫn duy trì các dải sắc nét và phục hồi DNA đáng tin cậy. Thay vì lên kế hoạch cho ngày của bạn xung quanh các cuộc chạy gel, bạn có thể coi chúng như những điểm kiểm tra nhanh giúp các dự án của bạn tiếp tục.

Điều gì tạo nên Bộ đệm chạy nhanh Khác nhau

Về cốt lõi, Fast Running Buffer là về tốc độ mà không có sự hỗn loạn. Nó được cung cấp dưới dạng cô đặc 50X, vì vậy bạn chỉ cần pha loãng nó thành dung dịch làm việc 1X với nước cất. Dung dịch đệm 1X duy nhất đó có thể được sử dụng để đúc gel và chạy điện di, giữ cho các điều kiện nhất quán từ đầu đến cuối.

So với các hệ thống 1X TAE hoặc TBE thông thường, bộ đệm mang lại một số lợi thế thực tế:

✅Thời gian chạy ngắn hơn đáng kể - các khoảng cách điển hình kết thúc trong khoảng 5 - 10 phút thay vì ~ 30 phút.

✅Chạy nhanh hơn 2,5 - 3× - nhờ cường độ ion thấp, bạn có thể chạy ở khoảng 25 - 30 V / cm mà không cần làm nóng quá mức.

✅Khả năng đệm mạnh mẽ - giải pháp 1X thường có thể được tái sử dụng trong quy trình làm việc thông thường, giúp giảm lãng phí và chi phí.

Bởi vì bộ đệm mang ít cường độ ion hơn, nó tạo ra ít nhiệt hơn ngay cả ở điện áp cao hơn. Điều đó có nghĩa là bạn có thể tăng cường độ trường một cách an toàn mà vẫn duy trì các dải thẳng, nguyên vẹn thay vì "nụ cười" hoặc vết bẩn mờ. Kết quả là điện di nhanh mà vẫn trông giống như những loại gel mà bạn tin tưởng để ra quyết định.

Quan trọng không kém, Fast Running Buffer hoạt động tốt với các ứng dụng xuôi dòng. Fast Running Buffer hoàn toàn tương thích với các bộ dụng cụ chiết xuất và thắt gel DNA thông thường. Bạn có thể cắt dải bạn cần, làm sạch nó như bình thường và chuyển sang nhân bản hoặc các bước xuôi dòng khác. Không có quy trình làm việc mới, không cần xác thực bổ sung.

• Quy trình làm việc đơn giản, thay đổi tối thiểu

Bạn không cần phải viết lại SOP của mình để sử dụng bộ đệm này. Xử lý hàng ngày rất đơn giản:

✅Chuẩn bị dung dịch làm việc 1X bằng cách pha loãng cô đặc 50X với nước cất. Giữ nó ở nhiệt độ phòng; nó ổn định trong nhiều tháng.

✅Sử dụng cùng một mẻ 1X đó để làm gel agarose và làm đệm chạy trong bể. Điều này giữ cho cường độ ion đồng đều trong toàn hệ thống và giúp tránh các mô hình di chuyển kỳ lạ.

✅Không pha loãng dưới 1X. Pha loãng quá mức có thể gây ra sự di chuyển bất thường và dịch chuyển dải, lãng phí các lần chạy và mẫu.

✅Chạy ở chiều dài gel 25 - 30 V / cm. Bạn có thể điều chỉnh một chút tùy thuộc vào thiết kế bể và nhiệt độ môi trường xung quanh, nhưng phạm vi này mang lại sự cân bằng đáng tin cậy giữa tốc độ và độ phân giải.

Nhuộm màu cũng rất đơn giản. Bạn có thể nhuộm trước gel bằng cách thêm thuốc nhuộm DNA vào agarose hoặc nhuộm sau đó trong một bồn tắm riêng. Fast Running Buffer hỗ trợ cả hai cách tiếp cận và hoạt động với bộ dụng cụ nhuộm thông thường, có nghĩa là bạn không cần thuốc nhuộm hoặc phần cứng hình ảnh mới.

Trong đó Bộ đệm chạy nhanh Cung cấp tanh ấy có giá trị nhất

Fast Running Buffer đặc biệt hữu ích trong các dự án phụ thuộc vào quay vòng nhanh và kiểm tra thường xuyên, bao gồm:

✅Nghiên cứu về phiên mã và điều hòa gen

✅Các dự án giải trình tự và giải trình tự lại toàn bộ bộ gen

✅Quy trình chỉnh sửa gen và sinh học tổng hợp

✅Xác nhận mục tiêu thuốc và xét nghiệm sàng lọc hợp chất

✅Điều tra sự phát triển, chết và chết rụng của tế bào

Trong mỗi lĩnh vực này, mỗi gel đóng vai trò như một cánh cổng kiểm soát khi nào bạn có thể chuyển sang bước thử nghiệm tiếp theo. Nó cho bạn biết: "Các mẫu của tôi có đủ tốt để tiếp tục không?" Khi mỗi cổng chỉ mất 5 - 10 phút thay vì nửa giờ, toàn bộ quy trình thử nghiệm của bạn sẽ tăng tốc.

Một cách thực tế để giới thiệu Fast Running Buffer vào phòng thí nghiệm của bạn là bắt đầu từ những việc nhỏ:

1. Bắt đầu với gel QC thông thường. Sử dụng nó để kiểm tra PCR, minipreps plasmid hoặc tiêu hóa enzyme, nơi bạn chỉ cần xác nhận kích thước và tính toàn vẹn.

2. Chạy so sánh song song. Đúc gel TAE / TBE tiêu chuẩn và gel đệm chạy nhanh với cùng một mẫu. So sánh thời gian chạy, độ sắc nét của băng tần và các mẫu di chuyển.

3. Theo dõi tiết kiệm thời gian. Lưu ý bạn tiết kiệm được bao nhiêu thời gian cho mỗi lần chạy và bạn có thể chuyển sang thắt chặt, chuyển đổi hoặc giải trình tự nhanh như thế nào sau khi gel kết thúc.

Bạn có thể sẽ thấy rằng hệ thống điện di của bạn thay đổi từ "bước mà mọi người đang chờ đợi" thành một điểm xác minh nhanh giúp các thí nghiệm tiếp tục.

Về mặt hoạt động, các phòng thí nghiệm cũng đánh giá cao độ ổn định nhiệt độ phòng và tiềm năng tái sử dụng của bộ đệm. Một lô giải pháp 1X thường có thể hỗ trợ một số lần chạy định kỳ, miễn là bộ đệm vẫn rõ ràng và hiệu suất vẫn ổn định. Điều này không chỉ giúp thông lượng mà còn giảm số lượng chai nặng bạn cần chuẩn bị và mang theo mỗi tuần.

Từ góc độ an toàn, không có gì bất thường là bắt buộc. PPE phòng thí nghiệm tiêu chuẩn - áo khoác phòng thí nghiệm, găng tay dùng một lần, kính bảo hộ - là đủ. Việc bảo quản cũng đơn giản: cả dung dịch 50X đậm đặc và dung dịch đệm 1X pha loãng đều có thể được giữ ở nhiệt độ phòng trong cửa sổ ổn định của chúng, giải phóng không gian trong phòng lạnh đông đúc.

Nếu bạn cảm thấy mệt mỏi với việc lên kế hoạch cho ngày của mình xung quanh gel chậm, Fast Running Buffer cung cấp một giải pháp thay thế thực tế. Nó giữ được cảm giác quen thuộc của điện di agarose trong khi cắt giảm thời gian chạy xuống còn vài phút, không phải nửa giờ. Điều đó có nghĩa là dữ liệu nhanh hơn, nhiều lần chạy hơn mỗi ngày và ít thời gian chờ đợi các băng tần xuất hiện.

Gọi đến MộtCtion

Nếu gel chậm vẫn là một nút thắt cổ chai trong quy trình làm việc của bạn, thì bây giờ là thời điểm tốt để thử nghiệm một lựa chọn nhanh hơn. Hãy thử Fast Running Buffer trên bộ kiểm tra PCR hoặc gel nhân bản tiếp theo của bạn và xem bạn có thể dành bao nhiêu thời gian cho việc phân tích dữ liệu thực tế và thiết kế thử nghiệm.