Máy siêu âm tập trung ở mức trung bình: Khi nào 8 vị trí lấy mẫu lại hợp lý hơn?

Ở nhiều phòng thí nghiệm tồn tại một vùng trung gian cồng kềnh.

Chúng sẽ mất quá nhiều thời gian nếu bạn lấy từng mẫu một. Mười sáu vị trí trở lên nghe có vẻ tốt, nhưng hiếm khi có mười sáu mẫu có sẵn trong cùng một điều kiện trong phòng thí nghiệm.

Đó là lúc các máy siêu âm hội tụ hoạt động ở tốc độ trung bình trở nên thú vị!

Trong cuộc thảo luận này, "mid-throughput" không chỉ là một con số in trên bảng thông số kỹ thuật. Nó áp dụng cho các phòng thí nghiệm thường xử lý nhiều mẫu cùng lúc, nhưng vẫn cần sự linh hoạt để xử lý các lô chưa hoàn chỉnh, các loại mẫu khác nhau hoặc điều kiện âm học khác nhau.

Các Máy siêu âm hội tụ BoFU-800 từ Longlight phục vụ xử lý đồng thời 1 - 8 mẫu với 8 vị trí mẫu, có thể là điều kiện mẫu riêng lẻ hoặc xử lý theo lô. Đó có thể là một ví dụ tốt để xem xét khi tranh luận về vấn đề vận hành, không chỉ riêng công nghệ.

Giữa thông lượng thực sự là một vấn đề về lập lịch: Có hai cách tiếp cận để lên lịch. Có hai cách tiếp cận để lên lịch.

Khi xem xét số lượng giếng mà một thiết bị có, trước tiên hãy cân nhắc những gì thường được đặt trên bàn điều khiển.

Họ nhận được bao nhiêu mẫu vào một ngày thứ Ba điển hình?

Không phải dự án lớn nhất năm nay. Không phải số lượng mà phòng thí nghiệm muốn xử lý sau khi mở rộng. Hàng đợi thông thường tiện lợi hơn.

Vào buổi sáng, một nhóm genomics có thể lấy 4 mẫu DNA; sau bữa trưa, lấy 3 mẫu chromatin; Sau bữa trưa, lấy 2 mẫu FFPE với phác đồ khác. Vào ngày hôm đó, phòng thí nghiệm thực sự có chín mẫu, nhưng không có một lô chín mẫu.

Điều đó tạo ra sự khác biệt trong việc lựa chọn thiết bị.

Đối với một số nền tảng, vài vị trí dư thừa có thể được dùng cho công việc ít hữu ích hơn trong ngày vì các nhà nghiên cứu không chờ đến khi giá đỡ hoàn chỉnh mới bắt đầu.

Trong một lần chạy, một vị trí trống không nên làm dừng lượt chạy.

Một tính năng hữu ích của nền tảng thông lượng trung bình là nó có thể được sử dụng để thực hiện từng lô một phần mà không gây ra vấn đề về quy trình làm việc với các vị trí chưa sử dụng.

Chế độ xử lý mẫu miễn phí trong BoFU-800 cho phép xử lý từ 1–8 mẫu với điều kiện tùy chỉnh cho từng mẫu riêng biệt. Tuy nhiên, nó không ở chế độ thời gian thực mà theo lô, phù hợp với các mẫu thực sự có yêu cầu xử lý tương tự.

Những khác biệt tưởng chừng nhỏ không quan trọng như bạn tưởng.

Phòng thí nghiệm nên có thể thực hiện sáu mẫu nếu có sáu mẫu sẵn sàng. Nếu 4 người thuộc một giao thức, và 2 người thuộc giao thức khác nhau, thì câu hỏi đặt ra là liệu công cụ có thể đáp ứng công việc thực tế hay công việc có thể đáp ứng công cụ đó.

Siêu âm hội tụ là một phần của Longlight Cắt DNA / RNA danh mục công cụ phân mảnh axit nucleic và chuẩn bị mẫu NGS. Sự linh hoạt với các mẫu đầu vào có thể quan trọng không kém số lượng kênh trong môi trường đó.

Có hai chế độ khác nhau: Chế độ Tự do và Chế độ Lô

Thuật ngữ "xử lý theo lô" tất nhiên ngụ ý rằng nó hiệu quả hơn.

Đôi khi là như vậy.

Đối với tám mẫu DNA tương tự, chỉ cần nhập một bộ điều kiện và có thể xử lý theo lô, giảm thiểu việc thiết lập lặp lại.

Tuy nhiên, công việc nghiên cứu hỗn hợp lại không như vậy.

Mẫu từ các dự án không liên quan có thể được chuyển đến một cơ sở cốt lõi. Một phòng thí nghiệm NGS có thể làm việc với phân mảnh DNA trong khi dự án khác yêu cầu cắt đứt chromatin. Trong trường hợp như vậy, việc có nhiều vị trí khác nhau không có ý nghĩa gì, vì mọi thứ đều bị ép vào một phương pháp chung.

Do đó, so sánh liên quan không phải là thủ công so với lô.

Đó là:

Khi nào thì nên sử dụng giao thức chia sẻ; Khi nào thì việc có giao thức độc lập là hợp lý?

Khi hệ thống có thể làm cả hai mà không làm phức tạp quá mức không cần thiết, thì đó là hệ thống thông lượng trung bình.

Bạn cần có tám mẫu, tức là tám đĩa nhạc!

Một vấn đề khác về thông lượng là giữ lại kiến thức về từng mẫu.

Một ống đôi khi có thể giúp người vận hành nhớ và gõ lại chuỗi từ sổ tay.

Nhưng với nhiều mẫu thì không dễ như vậy.

Tính tái lập bao gồm nhận dạng mẫu, điều kiện được chọn, lịch sử chạy và thay đổi phương thức. Theo Longlight, thông tin xử lý BoFU-800 có thể truy xuất sau khi chạy, giúp ghi lại quá trình xử lý mẫu. Hệ thống cũng đi kèm hệ điều hành tích hợp và không cần máy tính ngoài.

Điều này đặc biệt đúng với các phòng thí nghiệm dùng chung. Người vận hành một phương pháp sau sáu tháng kể từ thời điểm phát triển có thể không phải là cùng một người.

Sự phụ thuộc vào bộ nhớ nên được giảm thiểu khi tăng thể tích mẫu cho quy trình làm việc ở mức trung bình.

Hệ thống kiểm soát nhiệt độ phải có khả năng hoạt động xuyên suốt mẻ.

Việc bổ sung vị trí không nên đi kèm với việc thêm các điều kiện mẫu không kiểm soát.

Việc đưa năng lượng âm học vào môi trường mẫu thông qua xử lý siêu âm tập trung đòi hỏi quản lý nhiệt. BoFU-800 áp dụng hệ thống xử lý nhiệt độ thấp, nhiệt độ không đổi, cảm biến nhiệt độ và kiểm soát nhiệt độ được thực hiện trong khu vực lấy mẫu. Nó cũng cho phép xử lý mẫu trong ống kín, sử dụng môi trường âm học, không tiếp xúc trực tiếp với đầu dò.

Câu hỏi then chốt đối với phòng thí nghiệm là "làm thế nào"?

Việc tăng số mẫu mà không ảnh hưởng đến kiểm soát môi trường chung của phương pháp đã được xác nhận có chấp nhận được không?

Điều này hữu ích hơn so với việc đánh giá thông lượng riêng lẻ để kiểm soát quy trình.

Thực ra, bạn có cần hơn tám vị trí không?

Trong một số trường hợp, câu trả lời là có.

Khi phòng thí nghiệm thường xuyên gặp các mẫu lớn hơn tám, và các mẫu này sẵn sàng đồng thời, việc chuyển sang nền tảng lớn hơn có thể giảm số lần chạy lại.

Vị trí mẫu 16 Máy siêu âm tập trung BoFU-1600 Tự hào có sự linh hoạt xử lý tương tự như hệ thống tám vị trí – có thể sử dụng cho xử lý mẫu miễn phí từ 1-16 hoặc xử lý theo mô.

Ở chiều ngược lại, các phòng thí nghiệm chủ yếu lấy mẫu nghiên cứu riêng lẻ có thể ưu tiên một nền tảng tích hợp đơn giản hơn như Máy siêu âm tập trung BoFU-100, Các vị trí Longlight cho cắt DNA, RNA và chromatin, phân mảnh bộ gen NGS, xử lý FFPE và phá vỡ mẫu sinh học.

Đó là lựa chọn hiệu quả hơn so với "lớn hơn là tốt.

Dung lượng phù hợp nhất với hàng đợi mẫu thông thường với ít thời gian chờ đợi, không sử dụng và việc phân lô không cần thiết là công suất phù hợp.

Trước khi chọn, hãy xem Phòng thí nghiệm trong một tuần.

Một trong những bài tập chọn thiết bị dễ nhất là thực hiện mà không cần sử dụng bất kỳ thiết bị nào.

Thực hiện quan sát phòng thí nghiệm trong 5 ngày làm việc.

Ghi lại số lượng mẫu nhận được cùng lúc, số mẫu sử dụng cùng một phương pháp, tần suất chờ đến khi có lô để tạo hình, tần suất các ứng dụng chồng lấn, và lô "bình thường" lớn nhất trông như thế nào.

Kết quả sẽ hữu ích hơn so với việc bắt đầu với số lượng mẫu lớn nhất trong một danh mục.

Ngoài việc là một trạm làm việc độc lập, phòng thí nghiệm cũng nên xem xét vai trò của siêu âm tập trung trong bối cảnh tinh chế, định lượng và các quy trình phân tích axit nucleic.

Kiểm tra lựa chọn cuối cùng

Đối với những phòng thí nghiệm cần xử lý song song, nhưng vẫn có số lượng mẫu và giao thức khác nhau, máy siêu âm tập trung với tốc độ trung bình là lựa chọn hợp lý nhất.

Trước khi chọn một cái, bạn cần tự hỏi mình 4 câu hỏi:

Thông thường có bao nhiêu mẫu được gửi đến cùng lúc? Những mẫu đó thường dùng cùng một phương pháp như thế nào? Giá trị của sự linh hoạt trên mỗi mẫu là bao nhiêu? Còn về mức độ truy xuất nguồn gốc cần thiết khi nhiều nhà nghiên cứu sử dụng cùng một hệ thống thì sao?

Nhưng hệ thống trung gian tốt nhất không phải là hệ thống nằm giữa hai thông số sản phẩm lớn hơn.

Đây là phương án phù hợp nhất với thực tế về việc mẫu được đưa đến bàn thí nghiệm.

Câu hỏi thường gặp

Câu hỏi 1. Máy siêu âm hội tụ cho thông lượng trung bình là công cụ được thiết kế để xử lý khối lượng nhỏ các mẫu với cường độ cao nhưng biên độ siêu âm thấp.

Đây là một hệ thống xử lý mẫu âm học tập trung đơn dành cho các phòng thí nghiệm với số lượng lớn mẫu được xử lý cùng nhau, nhưng không nhất thiết phải xử lý trong các đợt lớn với tốc độ cao. Công suất thay đổi tùy theo hệ thống.

Câu hỏi 2. Số lượng mẫu tối đa mà BoFU-800 có thể xử lý là bao nhiêu?

BoFU-800 có tám vị trí mẫu và có thể xử lý linh hoạt từ 1–8 mẫu. Có thể tùy chỉnh riêng hoặc nhập các thông số theo lô.

Câu hỏi 3. Liệu cả tám vị trí đều sẽ được lấp đầy chứ?

Không. Chế độ xử lý mẫu tự do của BoFU-800 chỉ xử lý từ 1–8 mẫu, do đó không cần xử lý một mẻ đầy đủ gồm 8 mẫu.

Câu hỏi 4. Sự khác biệt giữa chế độ tự do và chế độ theo lô là gì?

Ở chế độ tự do, mỗi mẫu có thể được xử lý theo điều kiện xử lý riêng biệt. Chế độ mẻ được thiết kế cho cùng loại mẫu có thể được xử lý bằng cùng các tham số xử lý.

Câu hỏi 5. Tình huống nào khiến phòng thí nghiệm cân nhắc hệ thống 16 vị trí?

Khi các lô được chạy liên tục lớn hơn tám và các mẫu thường có sẵn để xử lý song song, một nền tảng lớn hơn có thể giúp giảm thiểu việc chạy lại. BoFU-1600 cung cấp 16 vị trí lấy mẫu ở các chế độ linh hoạt & xử lý theo lô.