Bộ đệm điện di nhanh: Biến gel thành điểm kiểm tra, không phải bước chờ đợi

Điện di gel agarose không phải là kết thúc của thí nghiệm.

Thường thì nó nằm ở giữa.

Bạn thực hiện PCR, chạy gel và xác định xem sản phẩm PCR có nên được tinh chế hay không. Bạn tiêu hóa plasmid, xem các dải rồi quyết định có tiếp tục hay không. Bạn chuẩn bị mẫu để giải trình tự, chạy thêm một gel QC nữa và quyết định bước tiếp theo.

Đó là lý do tại sao việc ngồi chờ điện di có thể cảm thấy rất lâu. Không có gì di chuyển xuống hạ lưu cho đến khi bạn thấy các vải, mặc dù gel chỉ mất nửa tiếng.

Ưu điểm lớn nhất của bộ đệm điện di nhanh là rút ngắn vòng quyết định đó — không chỉ để tăng tốc độ di chuyển DNA.

Longlight's Bộ đệm chạy siêu nhanh 50X là một bộ đệm điện di agarose có cường độ ion thấp, giúp tách DNA nhanh chóng. Thông thường, nó có thể thực hiện các lần tách thông thường trong 5-10 phút, thay vì 30 phút theo điều kiện khuyến nghị.

Nếu bạn chưa chắc về các băng đĩa, gel năm phút không đáng.

Chỉ tốc độ thôi không phải là đầu ra mong muốn.

Nếu gel không thành công, thì đó là gel lặp lại năm phút và không còn là thí nghiệm năm phút nữa.

Ngay cả với các ứng dụng sinh học phân tử thông thường, người ta cũng cần phân biệt các dải để đưa ra quyết định tiếp theo: Sản phẩm mong đợi có được tạo ra bằng PCR không? Có cái chèn đó không? Chúng có phù hợp để thu hồi DNA không? Bạn còn cần làm gì khác với mẫu đó không?

Bộ đệm chạy nhanh này tương thích với nồng độ agarose ở các mức 0,8%, 1% và 2% và đã đạt được sự tách biệt rõ ràng các dải axit nucleic trong các gel này, theo Longlight.

Do đó, mục tiêu đúng không phải là tốc độ di chuyển tối đa.

Đó là số lượng tối thiểu đủ để đưa ra quyết định.

Cửa sổ điện áp hữu ích bị thay đổi bởi các thay đổi cường độ ion thấp.

Dễ dàng nhận thấy có giới hạn khi tăng điện áp để làm gel thông thường nhanh hơn: nhiệt.

Tính dự đoán của di chuyển và hình dạng dải có thể suy giảm khi dòng điện và tải nhiệt tăng lên. Ngược lại, bộ đệm chạy nhanh giải quyết vấn đề từ một góc độ khác bằng cách giảm cường độ ion, từ đó giảm sinh nhiệt và cho phép sử dụng trường điện cao hơn trong quá trình tách. Theo Longlight, chiều dài gel của bộ đệm làm việc 1X khoảng 25–30 V/cm, tùy thuộc vào hình dạng của bể điện di và nhiệt độ môi trường.

Sự khác biệt đó rất quan trọng.

"Điện di nhanh" không đề cập đến việc sử dụng điện áp cao hơn cho đến khi có sự cố xảy ra.

Nó nên bao gồm việc sử dụng bộ đệm và cửa sổ hoạt động được thiết kế để hoạt động cùng nhau.

Bộ đệm 1X được xem là một phần của Phương pháp.

Nước dùng cô đặc có vẻ là một khái niệm đơn giản: pha loãng rồi chạy.

Ở đây, các lối tắt nhỏ trong phòng thí nghiệm cũng có thể tạo ra sự biến động không cần thiết.

Bộ đệm nhanh do Longlight cung cấp được cung cấp dưới dạng cô đặc 50X, pha loãng 1:50 trong nước cất để tạo ra dung dịch hoạt động 1X. Công ty không đề xuất rằng nên tạo điều kiện đệm khác nhau giữa gel và bể, và khuyến nghị sử dụng cùng một lô dung dịch 1X cho cả đúc gel và điện di. Pha loãng dưới 1X cũng không được khuyến nghị vì có thể xảy ra di chuyển bất thường.

Khi thủ thuật gel nhanh thành công, hãy thêm vào quy trình SOP.

Tránh để nó như một thứ mà "mọi người trong phòng thí nghiệm" "đều biết đại khái."

Đừng sao chép điện áp từ bể của người khác!

Nếu không có chiều dài gel, giá trị điện áp là thông tin không đầy đủ.

Việc nghĩ về lần chạy theo cường độ trường là hữu ích, vì tỷ lệ khoảng cách so với thời gian không giống nhau giữa buồng điện di compact và gel dài hơn.

Đó là lý do Longlight quy định phạm vi hoạt động trên mỗi centimet gel. Nó cũng có thể chứa nhiều loại khay khác nhau như gel ngắn, dài, rộng và lớn, vì vậy không nên đơn giản chuyển điện áp ghi nhớ từ thiết lập này sang thiết lập khác với Hệ thống gel ngang HE-50.

Bắt đầu với "cường độ trường" đã được xác minh và quan sát "gel thực tế".

Nhiệt độ, thiết kế bồn và giới hạn nguồn điện vẫn đang được thử nghiệm.

Điện di nhanh khi quyết định dễ dàng

Không phải tất cả gel đều có cùng một nhiệm vụ.

Các nhà nghiên cứu đôi khi yêu cầu phân tách phân tích chi tiết. Một thử nghiệm khác chỉ để xem liệu sản phẩm PCR có đạt kích thước gần đúng hay không.

Trường hợp thứ hai là trường hợp mà khái niệm điện di nhanh đặc biệt hữu ích.

Nhiều trục trặc nhỏ có thể xảy ra trong một ngày với việc xác minh PCR, sàng lọc bản sao, kiểm tra hạn chế và kiểm tra DNA trung gian. Những điểm kiểm tra này có thể ngắn hơn nếu có, nghĩa là các nhà nghiên cứu có thể đưa ra nhiều quyết định thực nghiệm trong một buổi chiều thay vì phải chờ đợi các lần chạy truyền thống lặp đi lặp lại.

Các kiểm tra định kỳ này có thể được đơn giản hóa hơn nữa bằng cách sử dụng dấu DNA sẵn sàng sử dụng, vì các dấu hiệu của Longlight được cung cấp kèm bộ đệm tải và được thiết kế để sử dụng trực tiếp trong điện di agarose.

Ý tưởng KHÔNG phải là chuẩn hóa mọi thí nghiệm điện di.

Điều quan trọng là phải hiểu gel nào thực sự được thiết kế để trả lời câu hỏi nhanh.

Quy trình tiết kiệm thời gian sẽ không tiếp tục cho đến khi bước tiếp theo sẵn sàng.

Hãy tưởng tượng thực hiện điện di trong 8 phút rồi phải chuẩn bị tất cả các bước tiếp theo trong 20 phút nữa.

Bộ đệm rất nhanh. Quy trình làm việc không phải là gì.

Khi tính đến các bước xung quanh, điện di nhanh là phương pháp tốt nhất. Theo Longlight, Bộ đệm Chạy Siêu Nhanh của nó sẽ không ảnh hưởng đến quy trình làm việc phía sau; Việc chiết xuất và liên kết gel DNA có thể được thực hiện trên DNA thu được trong bộ đệm Longlight.

Nếu thời gian chuẩn bị gel cũng là một hạn chế đối với phòng thí nghiệm, thì một lựa chọn khác là sử dụng Gel đúc sẵn Agarose, vốn đã được chuẩn bị để nạp và không phải tuân theo thời gian chuẩn bị gel truyền thống.

Đây là lúc một số tiết kiệm thời gian nhỏ trở thành một cách thực sự tiết kiệm thời gian trong công việc tại bàn thí nghiệm.

Hình ảnh là bước tiếp theo giúp làm chậm quá trình Gel Ăn Nhanhr

Khi một bước trong quy trình phòng thí nghiệm được đẩy nhanh, một điều quen thuộc sẽ xảy ra.

Đột nhiên, bạn nhận ra lần tiếp theo dài bao lâu.

Khi quá trình tách hoàn tất trong vài phút, thời gian để tháo gel, thiết lập chiếu sáng, điều chỉnh phơi sáng, xác định thang và lưu ảnh có thể chiếm tỷ lệ lớn hơn tổng thời gian hoàn thành.

Với chức năng xử lý hình ảnh tích hợp và chú thích tự động bằng marker, Longlight Hệ thống hình ảnh gel GI-200 áp dụng cho các phòng thí nghiệm tìm kiếm ứng dụng vượt ra ngoài thời gian chạy điện diểu.

Do đó, điều quan trọng là bộ đệm nhanh không được đánh giá riêng biệt.

Đo lường thời gian của quy trình làm việc, từ lúc giới thiệu mẫu đến khi bạn có thể đưa ra quyết định tiếp theo về một thí nghiệm.

Đưa ra bằng chứng rằng tái sử dụng nước là an toàn. Cung cấp bằng chứng rằng việc tái sử dụng nước là an toàn.

Longlight nói rằng bộ đệm có đủ bộ đệm để có thể sử dụng nhiều lần, nhưng không phải vô hạn số lần.

Môi trường làm việc có thể thay đổi do điện di liên tiếp, điều kiện phòng ấm và sử dụng tích lũy. Do đó, theo hướng dẫn của nhà sản xuất, bộ đệm chạy nên được thay thế định kỳ để đảm bảo khả năng tái tạo.

Bây giờ là lúc áp dụng quy tắc phòng thí nghiệm đơn giản.

Xác định khi nào cần thay bộ đệm, thay vì chờ đến khi một "gel trông kỳ lạ" nhắc bạn đã đến lúc thay mới.

Kiểm tra cuối cùng

Khi cân nhắc sử dụng bộ đệm điện di nhanh trong sử dụng thường xuyên trong phòng thí nghiệm, hãy chắc chắn xác thực bộ đệm với các mẫu mà phòng thí nghiệm sử dụng để xử lý.

Tạo dung dịch 1X phù hợp. Việc cast và chạy nên được thực hiện trong cùng một bộ đệm làm việc. Chọn cường độ trường dựa trên chiều dài gel và điều kiện bể. Theo dõi nhiệt độ. Đảm bảo số dải được sản xuất đủ để đưa ra quyết định.

Sau đó đo một thứ gì đó khác ngoài thời gian điện diểu, điều gì đó hữu ích:

Tải mẫu để xác định bước tiếp theo?

Đây chính là vai trò của Điện di nhanh trong phòng thí nghiệm.

Câu hỏi thường gặp

Câu hỏi 1. Đệm điện di nhanh có nghĩa là gì? Thuật ngữ 'đệm điện di nhanh' là gì?

Bộ đệm chạy được thiết kế để cho phép tách axit nucleic nhanh hơn trong gel agarose. Phiên bản của Longlight được thiết kế với độ bền ion thấp, cho phép tăng cường trường lực với lượng nhiệt thấp hơn.

Câu hỏi 2. Điện di nhanh có thể diễn ra nhanh đến mức nào? Ngược lại, điện di nhanh có thể nhanh đến mức nào?

Longlight thường đạt được thời gian tách khoảng 5 - 10 phút trong điều kiện khuyến nghị, so với khoảng 30 phút cho các lần tách thông thường. Hiệu suất thực tế sẽ phụ thuộc vào chiều dài gel, thiết kế bồn và điều kiện vận hành.

Câu hỏi 3. Nồng độ của bộ đệm chạy cho 50X là bao nhiêu?

Cô đặc được pha loãng 1:50 với nước cất để tạo ra dung dịch hoạt động 1X. Tốt nhất, cùng một lô 1X nên được dùng để làm gel và đổ đầy buồng chạy.

Câu hỏi 4. Có cần dùng bộ đệm chạy ở tốc độ cao hơn trước khi chiết xuất gel không?

Theo Longlight, Bộ đệm chạy siêu nhanh có thể được sử dụng để chiết xuất và liên kết gel DNA, cho phép mẫu được sử dụng trong các ứng dụng tiêu chuẩn phía sau.

Câu hỏi 5. Bộ đệm điện di nhanh có thể tái sử dụng không?

Sản phẩm có khả năng đệm để tái sử dụng, nhưng khuyến nghị nên thay thế định kỳ để đảm bảo độ chính xác và khả năng tái lập. Nhiệt độ cũng như điều kiện chạy lặp lại cũng cần được theo dõi.