Tin sinh học không còn "hộp đen": Dịch vụ giải trình tự chip| Phân tích dữ liệu được chuẩn hóa

Dịch vụ giải trình tự chip đã chuyển từ các thí nghiệm thích hợp sang các động cơ khám phá chính thống, định hình lại cách các nhà khoa học hiểu quy định bộ gen và bệnh tật. Barski và các đồng nghiệp đã mô tả các sửa đổi histone rộng rãi trong Cell (2007), ChIP-seq đã tăng tốc lĩnh vực này. Hiệp hội ENCODE, bao gồm các nhóm do Michael Snyder dẫn đầu, đã chia tỷ lệ bản đồ yếu tố phiên mã, trong khi nhóm của Richard A. Young sử dụng ChIP-seq để xác định mạng lưới đa năng trong tế bào gốc. Tại Longlight Technology, chúng tôi xây dựng dựa trên di sản này với Dịch vụ giải trình tự chip được tích hợp từ đầu đến cuối với Phân tích dữ liệu tiêu chuẩn để tăng khả năng tái tạo và chuyển đổi dữ liệu ChIP-seq thành thông tin chi tiết - loại bỏ "hộp đen" tin sinh học và cho phép đưa ra quyết định tự tin.

(Johnson, Mortazavi, Myers, Tiết lộ yếu tố phiên mã và đồng bản địa hóa sửa đổi histone

và động lực học trên các dòng tế bào bằng cách tích hợp dữ liệu ChIP-seq và RNA-seq, Khoa học (2007))

Dịch vụ giải trình tự chip cung cấp những gì

Kết tủa miễn dịch nhiễm sắc thể sau đó là giải trình tự (ChIP-seq) thẩm vấn các tương tác protein-DNA trên bộ gen. Bằng cách thu thập các đoạn nhiễm sắc được liên kết bởi các yếu tố phiên mã hoặc histone và đọc chúng bằng giải trình tự thông lượng cao, Dịch vụ giải trình tự chip định vị các vị trí liên kết, lập bản đồ cảnh quan sửa đổi histone và định lượng thay đổi chiếm dụng trong các điều kiện khác nhau.

Công nghệ Longlight cung cấp quy trình làm việc một cửa: chuẩn bị mẫu, cắt nhiễm sắc, xây dựng thư viện, giải trình tự nâng cao và phân tích dữ liệu nghiêm ngặt. Dịch vụ của chúng tôi phù hợp với kích thước mẫu nhỏ, hỗ trợ phân tích các gen hoặc vùng cụ thể theo mục đích nghiên cứu của bạn và áp dụng kiểm tra chất lượng nghiêm ngặt tại từng liên kết để đảm bảo độ chính xác. Kết hợp với siêu âm tập trung của chúng tôi để cắt nhiễm sắc tố chính xác và thuốc thử và vật tư tiêu hao chất lượng cao - bao gồm ống Qubit và bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện được tuyển chọn - chúng tôi cung cấp báo cáo dữ liệu hoàn chỉnh và dữ liệu thô với các chỉ số chất lượng minh bạch.

(Hồ sơ độ phân giải cao của methyl hóa histone trong bộ gen người)

Tin sinh học không còn nữa một "Hộp đen"

Thách thức với nhiều Dịch vụ giải trình tự chip là sự không nhất quán: cuộc gọi đỉnh thay đổi, chuẩn hóa không thể so sánh, QC mờ đục và phân phối phân mảnh. Công nghệ Longlight thực thi các tiêu chuẩn thống nhất trong suốt vòng đời phân tích, đảm bảo tính nhất quán từ nhận mẫu đến báo cáo diễn giải.

Các quy trình hài hòa với các biện pháp kiểm soát đã được xác thực và các quyết định có thể giải thích, được lập thành văn bản làm nền tảng cho mọi lần chạy. Ma trận QC bao gồm phân bố kích thước chèn, chỉ số độ phức tạp của thư viện, chất lượng căn chỉnh (ví dụ: tốc độ ánh xạ), tỷ lệ trùng lặp, nhiễu xung quanh (ví dụ: FRiP / SNR) và khả năng tái tạo (ví dụ: tương quan sao chép / IDR). Chúng tôi cung cấp các báo cáo toàn diện kết nối các đỉnh với ý nghĩa sinh học - liên kết việc chiếm dụng yếu tố phiên mã với các chương trình biểu hiện gen, dấu histone với trạng thái nhiễm sắc thể và các sự kiện đồng liên kết với các mô-đun điều chỉnh. Bằng cách thực thi các tiêu chuẩn chung cho đầu vào, quy trình và đầu ra, chúng tôi đạt được khả năng so sánh giữa các dự án và ngăn chặn sự trôi dạt phân tích. Tin sinh học trở nên hoàn toàn có thể truy xuất nguồn gốc, có thể kiểm tra và sẵn sàng ra quyết định.

• Khả năng tái tạo theo thiết kế

• Công cụ có thể tái tạo: các công cụ được ghim theo phiên bản, tài liệu tham khảo đã được xác minh và lược đồ tham số cho mỗi xét nghiệm.

• QC định lượng: số liệu công cụ, căn chỉnh trước SNR / chất lượng đọc, FRiP / NSC / RSC sau đỉnh, sao chép IDR.

• Gói hoàn chỉnh: dữ liệu thô/đã xử lý, danh mục đỉnh, khoảng thời gian được chú thích, cộng với cấu hình và nguồn gốc thời gian chạy.

• Phân tích mục tiêu: tập trung vào các gen hoặc vùng cụ thể khi các dự án yêu cầu kết luận hẹp, dựa trên giả thuyết.

Tại sao nên chọn Công nghệ Longlight

Công nghệ Longlight tích hợp phần cứng phòng thí nghiệm hàng đầu với tin học mạnh mẽ để nâng cao Dịch vụ giải trình tự chip trong các môi trường học thuật, lâm sàng và công nghiệp.

• Thực thi một cửa: Cung cấp các tế bào cố định hoặc mô đông lạnh; Chúng tôi hoàn thành việc chuẩn bị, cắt, xây dựng thư viện, giải trình tự và phân tích tin sinh học.

• Đáng tin cậy bởi thiết kế: QC liên tục xác định chính xác sinh học mà bạn quan tâm - xuống gen và khu vực.

• Mẫu nhỏ? Không vấn đề gì. Cách tiếp cận ưu tiên độ nhạy của chúng tôi khai thác thông tin chi tiết tối đa.

• Báo cáo nói ngôn ngữ của bạn - liên kết TF, dấu histone, mẫu đồng liên kết và theo dõi Pol II.

• Một ngăn xếp vật tư tiêu hao thống nhất mang lại tính nhất quán từ gel đến thư viện.

• Siêu âm tập trung: Cắt chính xác giúp tăng độ đặc hiệu làm giàu và cải thiện hiệu suất thư viện.

• Từ mẫu to Insight: tQuy trình dịch vụ

Chúng tôi đơn giản hóa việc chuyển từ một câu hỏi sinh học sang một câu trả lời tự tin. Bạn gửi các tế bào cố định hoặc mô đông lạnh; Chúng tôi trả về những hiểu biết rõ ràng với ma sát tối thiểu và hoàn toàn minh bạch.

• Nạp và xử lý tiêu chuẩn để duy trì nhiễm sắc.

• Siêu âm đã hiệu chuẩn cho các mảnh có thể tái tạo, phù hợp với mục tiêu.

• Cân bằng / PCR để duy trì độ phức tạp của thư viện.

• Độ sâu giải trình tự phù hợp với các mục tiêu TF / histone.

• QC phân lớp và chẩn đoán căn chỉnh.

• Phân tích đỉnh/khác biệt/mô-típ/đồng liên kết với chú thích gen.

• Báo cáo, dữ liệu, hình ảnh và tóm tắt diễn giải.

Ứng dụng mộtnd Tác động

Dịch vụ giải trình tự chip làm sáng tỏ sinh học quy định trong các bối cảnh từ phát triển đến bệnh tật. Bằng cách lập bản đồ sự hiện diện của protein tại các vị trí bộ gen, bạn có thể vẽ bản đồ chiếm dụng protein trong các vùng mục tiêu, xét nghiệm sự xuất hiện đồng thời của các dấu histone liên quan đến biểu hiện gen và định vị RNA polymerase II và liên kết xuyên yếu tố một cách chính xác. Trong dược lý, ChIP-seq hỗ trợ các nghiên cứu cơ chế hoạt động; trong nghiên cứu và phát triển dược phẩm sinh học, nó xác nhận sự tham gia mục tiêu; Trong nghiên cứu học thuật, nó giải mã các chương trình phiên mã chi phối số phận của tế bào.

Cách tiếp cận của chúng tôi kết nối đầu ra ChIP-seq với các câu chuyện sinh học. Phân tích motif cho thấy các yếu tố quyết định trình tự của sự liên kết. Ma trận đồng ràng buộc làm nổi bật quan hệ đối tác theo quy định. Hồ sơ sửa đổi histone phân đoạn trạng thái nhiễm sắc. Chú thích tích hợp liên kết các đỉnh với các chất quảng bá, chất tăng cường và cơ thể gen. Bởi vì toàn bộ quy trình được tiêu chuẩn hóa, các nghiên cứu theo chiều dọc qua các thời điểm, trạng thái tế bào hoặc phương pháp điều trị trở nên có thể so sánh trực tiếp, giảm sự mơ hồ và củng cố kết luận.

Liên hệ tHành động

Sẵn sàng cho các đường ống có thể truy xuất nguồn gốc và các đỉnh có thể tái tạo? Đối với TF, histone hoặc Pol II ChIP-seq, hãy liên hệ với Longlight để đặt lịch tư vấn, bắt đầu gửi mẫu hoặc tham quan báo cáo mẫu với các chỉ số QC. Chúng tôi sẽ giúp bạn chuyển đổi dữ liệu ChIP-seq thành thông tin chi tiết hữu ích với Phân tích dữ liệu được tiêu chuẩn hóa, QC đầu cuối và các sản phẩm hoàn chỉnh phù hợp với mục tiêu nghiên cứu của bạn.