Tại sao XL-MS tăng tốc khám phá mục tiêu thuốc

Khám phá mục tiêu thuốc là quá trình tìm ra các phân tử cụ thể trong cơ thể mà một loại thuốc mới nên hoạt động. Các liệu pháp điều trị ung thư thành công, nhiều chất ức chế kinase và các loại thuốc kiểm soát miễn dịch như kháng thể PD-1 / PD-L1 đều bắt đầu với những đột phá của Khám phá Mục tiêu Thuốc. Các nhà nghiên cứu tìm kiếm các protein thúc đẩy bệnh tật, xác nhận vai trò của chúng, và sau đó thiết kế các phân tử nhỏ hoặc chất sinh học để điều chỉnh chúng. Tuy nhiên, khi bệnh trở nên phức tạp hơn, các phương pháp truyền thống thường gặp khó khăn trong việc tiết lộ đúng mục tiêu vào đúng thời điểm. Làm thế nào chúng ta có thể nhìn thấy tương tác protein rõ ràng hơn, trong môi trường sinh học thực tế và di chuyển từ ứng cử viên sang mục tiêu được xác nhận nhanh hơn? Đây là nơi XL-MS bắt đầu thay đổi cuộc chơi...

(Thuốc ức chế điểm kiểm soát miễn dịch - NCI)

Xem mục tiêu thuốc tôin Mạng tương tác thực sự của họ

XL-MS (khối phổ liên kết ngang) Bắt đầu từ một ý tưởng rất đơn giản: nếu hai protein nằm đủ gần nhau, một liên kết chéo có thể khóa chúng lại với nhau. Khi liên kết đó được hình thành, khối phổ có thể phát hiện các peptide liên kết ngang và cho bạn biết vùng nào của protein có liên quan.

Trong thực tế, điều này có nghĩa là bạn có thể thêm các chất liên kết ngang trực tiếp vào dịch ly giải tế bào hoặc phức hợp tinh khiết. Các thuốc thử này tạo ra liên kết cộng hóa trị giữa các axit amin lân cận, "đóng băng" hiệu quả các tương tác protein - protein tại chỗ. Điều quan trọng là điều này bao gồm các tương tác yếu, thoáng qua hoặc phụ thuộc vào tình trạng thường biến mất trong các bước thanh lọc hoặc giặt.

Đối với Khám phá Mục tiêu Thuốc, mức độ chi tiết đó là cực kỳ có giá trị. Hầu hết các mục tiêu thuốc hoạt động bên trong các phức hợp đa protein lớn hoặc các con đường tín hiệu. Nếu bạn chỉ biết cấu trúc của một protein duy nhất, bạn chỉ thấy một phần của câu chuyện. Với XL-MS, bạn có thể:

• Lập bản đồ protein nào tương tác trực tiếp với mục tiêu của bạn

• Xác định vị trí các trang web hoặc miền liên kết gần đúng liên quan đến tương tác

• So sánh các mô hình tương tác giữa các mẫu khỏe mạnh và bệnh

• Theo dõi cách các hợp chất ứng cử viên có thể làm gián đoạn hoặc ổn định các tiếp xúc cụ thể

XL-MS cũng kết hợp tốt với các phương pháp cấu trúc như cryo-EM và tinh thể học tia X. Sinh học cấu trúc cung cấp cho bạn ảnh chụp nhanh có độ phân giải cao. XL-MS bổ sung các hạn chế khoảng cách và các mẫu tương tác giúp xác thực hoặc tinh chỉnh các mô hình, đặc biệt là đối với các vùng linh hoạt khó giải quyết. Cùng với nhau, chúng cung cấp một bức tranh thực tế hơn về cách mục tiêu thuốc của bạn hoạt động trong một môi trường phân tử đông đúc.

Tại sao XL-MS phù hợp với đường ống khám phá mục tiêu thuốc hiện đại

Nhiều nhóm nói với chúng ta điều tương tự: họ muốn có cái nhìn sâu sắc hơn về các tương tác protein, nhưng họ không đủ khả năng để có một phương pháp làm chậm toàn bộ chương trình. XL-MS hấp dẫn vì nó cung cấp thông tin sinh học phong phú mà không yêu cầu thiết kế lại hoàn toàn quy trình làm việc của bạn.

Một số lợi thế thiết thực nổi bật trong các dự án hàng ngày:

• Thông lượng cao, hàm lượng thông tin cao

XL-MS rất phù hợp cho các mẫu phức tạp và các nghiên cứu lớn. Sau khi liên kết ngang và phân hủy được tối ưu hóa, khối phổ kế tiên tiến có thể xử lý nhiều mẫu trong một lần chạy. Sau đó, xử lý dữ liệu tự động biến phổ thô thành bản đồ tương tác, giúp nhóm của bạn chuyển từ thử nghiệm sang diễn giải nhanh hơn.

• Hoạt động trong điều kiện bản địa hơn

Bởi vì liên kết ngang có thể được thực hiện trong môi trường tế bào hoặc gần sinh lý, bạn không bị giới hạn ở các protein tinh khiết cao. Điều này cho phép bạn nắm bắt các tương tác chỉ hình thành trong các điều kiện cụ thể, chẳng hạn như sự hiện diện của các đồng yếu tố, môi trường màng hoặc tín hiệu căng thẳng liên quan đến bệnh. Đối với Khám phá mục tiêu thuốc, điều này có nghĩa là các ứng viên của bạn được đánh giá trong bối cảnh phản ánh tốt hơn những gì xảy ra trong cơ thể.

• Không cần dán nhãn protein đặc biệt

XL-MS không yêu cầu nhãn hóa chất tùy chỉnh hoặc thẻ di truyền trên mỗi protein. Điều này làm giảm độ phức tạp của thử nghiệm, tránh các hiện vật tiềm ẩn gắn thẻ và giúp dễ dàng mở rộng quy mô trên nhiều mục tiêu và điều kiện.

• Nhạy cảm với các tương tác yếu và thoáng qua

Một số sự kiện quy định quan trọng nhất liên quan đến các phức hợp ái lực thấp hoặc tồn tại trong thời gian ngắn. Đây chính xác là các loại tương tác có thể biến mất với các kỹ thuật kéo xuống hoặc dựa trên thanh lọc truyền thống. Liên kết chéo nắm bắt chúng tại thời điểm chúng xảy ra, cung cấp cho bạn một mạng tương tác hoàn chỉnh hơn và giúp bạn tránh các điểm mù trong quá trình Khám phá mục tiêu thuốc.

Kết hợp với nhau, những lợi ích này cho phép các nhóm nghiên cứu ưu tiên các mục tiêu một cách thông minh hơn. Thay vì chỉ tập trung vào những gì dễ đo lường, bạn có thể tập trung vào những gì có ý nghĩa sinh học - trong khi vẫn kiểm soát được các mốc thời gian và ngân sách.

(Phương pháp tiếp cận phối tử và lipidomics định hướng đa mục tiêu để khám phá thuốc u nguyên bào thần kinh đệm)

Cách công nghệ Longlight hỗ trợ quy trình làm việc XL-MS từ đầu đến cuối

Tại Longlight Technology, chúng tôi định vị XL-MS không phải là một thí nghiệm đơn lẻ mà là một phần của giải pháp tích hợp để Khám phá Mục tiêu Thuốc. Nhiều nhóm không có băng thông nội bộ để xây dựng quy trình XL-MS đầy đủ từ đầu, vì vậy chúng tôi thiết kế các dịch vụ của mình để kết nối với quy trình nghiên cứu hiện tại của bạn.

Bạn có thể gửi cho chúng tôi các mẫu liên kết chéo trước hoặc cộng tác với các nhà khoa học của chúng tôi để xác định chiến lược liên kết chéo phù hợp với hệ thống của bạn - chọn các liên kết, điều kiện và điều khiển thích hợp. Từ đó, Longlight Technology đảm nhận mọi bước kỹ thuật, bao gồm phân hủy mẫu, làm giàu peptide liên kết ngang, thu thập khối phổ và phân tích dữ liệu. Bạn nhận được một báo cáo rõ ràng, sẵn sàng cho dự án lập bản đồ các đối tác tương tác protein, xác định các vị trí liên kết chéo và chắt lọc thông tin cấu trúc phù hợp nhất với các quyết định mục tiêu và cơ chế hành động của bạn.

Ngoài XL-MS, Công nghệ Longlight cũng hỗ trợ công việc thượng nguồn và hạ nguồn xung quanh Khám phá Mục tiêu Thuốc. Các giải pháp bộ gen của chúng tôi, bao gồm các dụng cụ và thuốc thử liên quan đến giải trình tự thế hệ tiếp theo, giúp bạn xác định các biến thể di truyền, thay đổi biểu hiện và các yếu tố điều hòa liên quan đến con đường bệnh. Các kỹ thuật như ChIP-seq kết nối tương tác protein - DNA với bản đồ tương tác protein - protein do XL-MS tạo ra, cung cấp cho bạn cái nhìn rộng hơn về cách các mục tiêu nằm trong mạng lưới phiên mã và điều hòa nhiễm sắc.

Để giữ cho phòng thí nghiệm của bạn hoạt động trơn tru, chúng tôi cũng cung cấp một loạt các vật tư và bộ dụng cụ tiêu hao - chẳng hạn như bộ dụng cụ chiết xuất axit nucleic, bộ dụng cụ chuẩn bị thư viện, gel agarose đúc sẵn và ống chuyên dụng - được thiết kế để sử dụng nhất quán, hàng ngày trong môi trường nghiên cứu và dược phẩm sinh học. Nhiệm vụ là đơn giản hóa mọi giai đoạn - chuẩn bị, đo lường và phân tích - để các nhà khoa học của bạn có thể dành ít thời gian hơn cho việc thiết lập và khắc phục sự cố, đồng thời có nhiều thời gian hơn để kiểm tra các giả thuyết quan trọng. Kết hợp XL-MS để lập bản đồ tương tác, nền tảng bộ gen và các công cụ phòng thí nghiệm ổn định mang lại quy trình khám phá mục tiêu thuốc phối hợp và hiệu quả hơn. Thay vì các thử nghiệm riêng lẻ, bạn xây dựng một quy trình liên tục cung cấp dữ liệu tốt hơn để đưa ra quyết định tốt hơn.

Nếu tổ chức của bạn đang tìm cách rút ngắn chu kỳ khám phá, giảm rủi ro và có được bức tranh rõ ràng hơn về cách các mục tiêu thuốc tiềm năng hoạt động trong các hệ thống sinh học thực tế, chúng tôi sẽ sẵn lòng hỗ trợ bạn.

Bạn quan tâm đến việc khám phá XL-MS cho dự án Khám phá Mục tiêu Thuốc tiếp theo của mình?

Liên hệ với Longlight Technology để thảo luận về mục tiêu, mẫu hoặc thiết kế nghiên cứu của bạn và để chúng tôi giúp bạn biến dữ liệu tương tác protein phức tạp thành thông tin chi tiết cụ thể, có thể hành động.