Bộ tách hạt nam châm cho chiết xuất DNA: Hướng dẫn lựa chọn thực tiễn

Phần lớn sự tập trung vào chiết xuất DNA là hóa học hạt từ tính. Tuy nhiên, bộ tách chứa các ống cũng có thể ảnh hưởng đến khả năng thu hồi, độ tinh khiết và độ nhất quán của người vận hành.

Thời gian bắt giữ và tính nhất quán vùng bắt giữ là các yếu tố hiệu suất quan trọng đối với bộ tách hạt từ tính cần thiết để cố định các hạt liên kết với DNA một cách hiệu quả mà không làm ảnh hưởng đến vị trí cố định dự đoán của hạt trong quá trình hút. Trong trường hợp vùng bắt yếu, không đều và/hoặc kém nhìn thấy, các hạt có thể bị mất cùng với chất trên hoặc có thể lơ lửng trong bộ đệm rửa.

Chiết xuất DNA bằng hạt từ hoạt động như thế nào?

Chiết xuất hạt từ tính sử dụng các hạt paramagnetic có bề mặt liên kết axit nucleic dưới các điều kiện hóa học xác định rõ ràng. Sau khi ly giải, điều kiện liên kết thích hợp thúc đẩy sự hấp phụ axit nucleic lên các hạt từ chức năng hóa.

Từ trường tạo ra lực tác động lên các hạt, đưa chúng xuống đáy hoặc về phía thành của bình mẫu. Phần nước trên có thể được loại bỏ bằng cách hút ống hút mà không cần ly tâm. Trước khi DNA được thải vào bộ đệm chứa, các muối, protein và chất ức chế được rửa trôi ra khỏi bộ đệm rửa.

Bộ tách không tham gia vào quá trình liên kết hóa học. Mục đích của việc này là cố định các hạt một cách đáng tin cậy trong các bước tách và loại bỏ chất lỏng. The Giá đỡ từ tính MSG từ Longlight là thiết bị tách ống dựa trên nam châm vĩnh viễn giúp tách axit nucleic, protein và tế bào.

Tại sao Magnetic-Lĩnh vực Thiết kế quan trọng?

Hiệu suất của bộ tách không thể chỉ xác định bằng cường độ nam châm. Khoảng cách giữa nam châm và mẫu, độ dốc trường từ, hình học ống và đặc tính hạt đều ảnh hưởng đến hành vi bắt giữ.

Một cánh đồng tốt sẽ tập trung các hạt tạo thành một khu vực nhỏ, dễ nhìn thấy. Điều này sẽ giúp loại bỏ phần trên mà không làm xáo trộn viên nén khi đặt đầu pipet.

Mẫu bắt hạt quá mạnh hoặc không đều có thể tạo ra các cụm hạt nén chặt, khó treo lại. Một thiết lập kém có thể khiến hạt treo quá lâu. Mục tiêu lý tưởng là tách nhanh, kỹ lưỡng và lặp lại mà không làm phức tạp quá trình trộn tiếp theo.

Là gì Một số Những nơi mà DNA có thể bị mất?

Mất hạt thường gặp nhất là khi lớp vỏ được lấy ra và rửa sạch. Nếu viên nén không nhìn thấy, đầu nhỏ giọt có thể làm lệch hoặc hút nó lên.

Vấn đề với chất lỏng còn lại thì khác. Việc loại bỏ không hoàn toàn bộ đệm rửa có thể dẫn đến lưu trữ ethanol, muối hoặc các thành phần khác, có thể ảnh hưởng đến các phản ứng PCR, liên kết hoặc chuẩn bị thư viện.

Cũng rất quan trọng là không làm khô sản phẩm quá khô. Sấy hạt quá nhiều sau lần rửa cuối cùng có thể khiến chúng khó treo lại và có thể làm giảm hiệu quả chiết xuất. Vùng giữ hạt trong suốt sẽ hướng dẫn người vận hành đến việc loại bỏ đúng cách và thực hiện bước tiếp theo đúng thời điểm.

Cái gì vậy tốt nhất Ghép đôi cho Tube Format và Volume là gì?

Bộ tách nên chứa các bình thực tế được sử dụng trong giao thức. Chúng thường có dạng ống PCR, dải 8 ống, tấm 96 giếng, ống vi ly tâm 1,5 mL hoặc 2,0 mL và ống hình nón lớn hơn.

Vị trí của một ống trong giá đỡ có thể quá xa nam châm cho các định dạng khác. Việc căn chỉnh tốt rất quan trọng ngay cả khi ống có thể vừa khít về mặt vật lý, vì căn chỉnh kém có thể gây ra thời gian tách lâu hơn hoặc vị trí viên nén không thuận tiện.

Khối lượng công việc cũng rất quan trọng. Dòng sản phẩm MSG của Longlight bao gồm nhiều định dạng thể tích nhỏ từ mẫu microliter đến 2 mL trong nhiều loại bình PCR và ống vi ly tâm tiêu chuẩn.

Đó là gì Bên phải Lượng thông lượng cần có?

Một phòng thí nghiệm nghiên cứu làm việc với một vài mẫu có thể muốn một giá đỡ nhỏ, dễ nhìn thấy và có các ống dễ tiếp cận. Định dạng phải phù hợp với phòng thí nghiệm chẩn đoán hoặc giải trình tự, kích thước lô và giao thức pipet đa kênh.

Không sử dụng tất cả các vị trí không nhất thiết là vấn đề, nhưng khi sử dụng giao thức tám ống, có thể xảy ra sự khác biệt về thời gian giữa các mẫu khi áp dụng cho từng lần xử lý. Việc bắt hạt có thể dự đoán được ở tất cả các vị trí rất quan trọng để tăng thông lượng, trong đó khoảng cách ống đều cũng rất quan trọng.

Danh mục chuẩn bị mẫu NGS của Longlight bao gồm tách từ tính, định lượng DNA, phân mảnh DNA và điện di, cung cấp quy trình làm việc tích hợp hơn cho việc chuẩn bị mẫu.

Giặt giũ – Làm thế nào Liệu có phải làm được không?

Sau khi các hạt đã tụ lại, đặt đầu pipette ở phía bên kia của hạt. Để chất lỏng được lấy ra đủ chậm để không làm rơi bất kỳ hạt nào khỏi nam châm.

Thêm bộ đệm rửa đã chỉ định theo quy trình tiêu chuẩn. Tùy theo quy trình làm việc, việc rửa có thể được thực hiện bằng ống trên giá hoặc cần treo lại hoàn toàn các hạt giữa các bước rửa.

Phương pháp này nên cho biết liệu các hạt có nên được phân tán hoàn toàn trong mỗi bước hay không. Chất gây ô nhiễm có thể bị giữ lại thành từng cụm nếu quá trình hồi phục không hoàn chỉnh, và có thể gây ra sự biến đổi lớn hơn trong việc xử lý mẫu nếu trộn quá mạnh.

DNA như thế nào đã được rửa trôi Rời khỏi những hạt cườm à?

Khi hoàn thành việc rửa và sấy khô cuối cùng (kiểm soát), lấy bình ra khỏi giá từ tính. Thêm bộ đệm rửa đã chỉ định và treo lại các hạt kỹ lưỡng.

Quá trình thu hồi DNA có thể bị ảnh hưởng bởi nhiệt độ, thể tích chiết xuất, trộn và thời gian ủ. Khi quá trình chiết xuất kết thúc, đưa ống trở lại giá đỡ nam châm và chờ cho đến khi các hạt được bắt lại hoàn toàn và chất trên trong sạch trước khi chuyển phần bề mặt chứa DNA.

Vị trí chiết xuất của viên nén đặc biệt quan trọng nếu sử dụng chiết xuất có thể tích thấp. Một viên nén nhỏ, nằm xa vùng hút, sẽ thu hồi được nhiều chất lỏng hơn, nhưng không làm chuyển hạt giống.

Làm sao có thể Dải phân cách Hiệu suất có được đo lường không?

Lặp lại các lần chiết xuất với cùng mẫu, hóa học hạt và người thực hiện việc chiết xuất. Lưu ý thời gian cần thiết để tách, khả năng nhìn thấy viên nén, dễ dàng loại bỏ lớp phủ và dễ dàng lơ lửng lại hạt.

Kiểm tra lượng và chất lượng DNA, đồng thời kiểm tra ứng dụng bạn dự định sử dụng DNA. Ngay cả khi mẫu có tỷ lệ hấp thụ chấp nhận được, mẫu vẫn có thể chứa đủ chất ức chế để ảnh hưởng đến PCR hoặc chuẩn bị thư viện giải trình tự.

Đối với nhiều ống và tấm, sự nhất quán giữa các vị trí là rất quan trọng. Kiểm tra nhiều vị trí thử nghiệm – so sánh kết quả gần trung tâm và ở các mép.

Khi nào cần một bộ tách sinh học lớn hơn?

Giá ống có thể được sử dụng cho các ứng dụng hàng ngày từ microlit đến mililit. Có thể cần tách hàng trăm mililit hoặc vài lít thuốc thử, xử lý sinh học hoặc sản xuất.

Không phải nam châm lớn hơn sẽ tạo ra sự khác biệt ở quy mô đó. Đường kính bình, quá trình trộn, khoảng cách di chuyển hạt, độ đồng đều trường và giám sát quy trình quan trọng hơn.

Longlight's bộ tách từ sinh học, mẫu MSG-250/MSG-1000 hữu ích cho việc mở rộng quy mô tách axit nucleic, tinh chế protein và các quy trình mẻ khác.

Danh sách kiểm tra người mua.

Xác minh các thông tin sau: loại ống được hỗ trợ, phạm vi thể tích làm việc, số vị trí và liệu nó có tương thích với ống hút một kênh hay đa kênh hay không. Xem vị trí của các hạt và xem viên nén có còn nhìn thấy được từ góc làm việc bình thường của người vận hành hay không.

Yêu cầu "dữ liệu tách" dưới dạng hạt và bình chứa tương tự quy trình của bạn. Ngoài ra, hãy cân nhắc nhu cầu vệ sinh, khả năng chống hóa chất, độ ổn định của giá đỡ và dễ dàng đưa vào, tháo ống mà không bị di chuyển đột ngột.

Một dòng sản phẩm bao gồm nhiều tập có thể giúp dễ dàng đào tạo nhân viên phòng thí nghiệm và chuyển giao phương pháp cho các phòng thí nghiệm sử dụng nhiều định dạng chiết xuất. Tách từ tính và các phương pháp khác là của Longlight Giải pháp quy trình làm việc phòng thí nghiệm tổng quát.

Kết thúc

Độ chính xác của việc loại bỏ dung dịch rửa và lượng vật liệu liên kết DNA còn lại trong ống bị ảnh hưởng trực tiếp bởi bộ tách hạt từ tính để chiết xuất DNA. Một viên bi nhìn thấy được và vị trí ống chính xác giúp đạt được khả năng thu hồi cao hơn và khả năng lặp lại tốt hơn với công nghệ thu hạt đồng nhất.

Bộ tách phải được xem xét kết hợp với hóa học hạt, thể tích mẫu và kỹ thuật xử lý chất lỏng. Người dùng phòng thí nghiệm có thể gửi email định dạng ống, kích thước lô và/hoặc yêu cầu về thể tích làm việc cho Longlight Trang liên hệ để đối chiếu sản phẩm.

Câu hỏi thường gặp

Q1. Bộ tách từ tính có liên kết trực tiếp với DNA hay nó liên kết với một phân tử khác sẽ liên kết với DNA?

Không. Các hạt được phủ một lớp hóa học bề mặt liên kết với DNA. Bộ tách có thể giữ lại các hạt này và hút chất lỏng xung quanh ra.

Q2. Có một giá đỡ nam châm cho mỗi loại bóng không?

Thường thì không. Thể tích làm việc và hình dạng ống cần được kiểm tra vì sự vừa vặn vật lý không nhất thiết đảm bảo khoảng cách đúng với nam châm được duy trì.

Q3. Thời gian nên cho phép tách từ tính là bao lâu?

Điều này phụ thuộc vào đặc tính của hạt, thể tích mẫu, độ nhớt, hình dạng ống và thiết kế nam châm. Thực hiện quy trình đã được xác nhận và chờ đến khi chất tràn trong suốt.

Câu hỏi 4. Tại sao các hạt từ lại xuất hiện trong lần xả cuối cùng?

Có thể đã làm xáo trộn viên nén trong quá trình hút hoặc thời gian làm sạch quá ngắn. Cẩn thận đặt ống trở lại nam châm và chuyển lại phần nước nổi.

Q5. Có thể tách RNA bằng cách sử dụng bộ tách từ tính không?

Có, với hóa học và quy trình chiết xuất hạt liên kết RNA phù hợp. Tuy nhiên, vẫn phải thực hiện kiểm soát RNase.