Làm thế nào để cắt giảm thời gian điện di axit nucleic xuống còn 10 phút?

Điện di axit nucleic thường chậm hơn mức cần thiết - đánh cắp thời gian, gel quá nóng và trì hoãn các quyết định trong phòng thí nghiệm bận rộn.

Nỗi đau: Tại sao gel mất quá nhiều thời gian

Hầu hết các đội chấp nhận chạy 30 - 60 phút là "bình thường". Nhưng dài hạn che giấu chi phí thực sự. Nhiệt tích tụ, dải mờ và bạn mất thời gian giữa PCR và bước tiếp theo. Bộ đệm TAE / TBE cổ điển không được thiết kế cho tốc độ ở cường độ trường cao hơn. Đẩy voltage và gel ấm lên; đẩy lâu hơn và bạn có nguy cơ di chuyển bị bóp méo hoặc phục hồi kém. Chạy lại gel để khắc phục việc bôi bẩn tốn nhiều hơn vài phút - nó làm giảm sự tự tin và làm tắc nghẽn quy trình làm việc của bạn.

Từ các cuộc trò chuyện với khách hàng, chúng tôi nghe đi nghe lại những điểm khó khăn giống nhau. Các nhà nghiên cứu muốn kiểm tra nhanh hơn các sản phẩm PCR, màn hình thông lượng cao không bị đình trệ và các dải sạch có thể đi thẳng đến thắt hoặc phục hồi gel. Mua sắm muốn vật tư tiêu hao tồn tại lâu dài và không cần thay thế liên tục. Tại Longlight Technology, chúng tôi đã đặt một câu hỏi đơn giản: điều gì sẽ xảy ra nếu Điện di axit nucleic có thể được hoàn thành một cách đáng tin cậy trong 5 - 10 phút mà không làm giảm hiệu suất hạ lưu?

❓ Phòng thí nghiệm cho chúng ta biết gì?

Quá nóng, cường độ đệm không nhất quán giữa đúc và chạy, và lo lắng về các bước hạ lưu hạn chế tốc độ. Các nhóm do dự khi thay đổi dung dịch đệm vì họ lo lắng về sự thắt chặt, năng suất chiết xuất hoặc độ ổn định của RNA. Bạn không cần phải lựa chọn giữa tốc độ và chất lượng.

(Hìnhlại 1. Ứng dụng của bộ đệm chạy siêu nhanh trên 0,8% Agarose Gel. Làn 1: D12000

thang (5 μL); Làn 2: 4 μL; Làn 3: 3 μL; Làn 4: 2 μL; Làn 5: 1 μL)

(Hình 2. Ứng dụng của bộ đệm chạy siêu nhanh trên

1% Gel Agarose. Làn 1: Thang D5000 (5 μL); Làn 2: 4 μL; Làn 3: 3 μL; Làn 4: 2 μL; Làn 5: 1 μL)

(Hình 3. Ứng dụng của bộ đệm chạy siêu nhanh trên

2% Gel Agarose. Làn 1: Thang D1000 (5 μL); Làn 2: 4 μL; Làn 3: 3 μL; Làn 4: 2 μL; Làn 5: 1 μL.)

• Bộ đệm chạy siêu nhanh hoàn toàn tương thích với các nồng độ khác nhau của gel agarose (0,8%, 1%, 2%), như hình 1-3. Bất kể nồng độ gel, các dải axit nucleic duy trì độ phân giải và độ trong tuyệt vời, đảm bảo nhu cầu thí nghiệm để tách các phân tử DNA có kích thước khác nhau.

Cách khắc phục: Giải thích bộ đệm chạy siêu nhanh

Của chúng tôi 50x Bộ đệm chạy siêu nhanh là một công thức có độ bền ion thấp được chế tạo đặc biệt cho điện di axit nucleic agarose. Tải ion ít hơn có nghĩa là ít nhiệt hơn ở một trường nhất định. Kết hợp nó với nồng độ agarose phù hợp và bạn có thể hoạt động tự tin ở mức lên đến 25 - 30 V / cm, nén một lần chạy thường mất 30 phút thành chỉ 5 - 10 phút. Khi sử dụng đối đầu, các đội thường thấy khoảng cách nhanh hơn ~ 2,5 - 3 lần so với 1x TAE hoặc 1x TBE tiêu chuẩn.

Cách thức hoạt động

Cường độ ion thấp hơn làm giảm nhiệt độ Joule và giúp duy trì các dải sắc nét ở điện áp cao hơn. Độ ổn định nhiệt đó bảo toàn độ phân giải cho DNA và RNA trong khi cho phép tốc độ. Quan trọng không kém, hóa học thân thiện với hạ nguồn: nó không can thiệp vào quá trình chiết xuất hoặc thắt gel DNA, vì vậy bạn có thể chuyển trực tiếp sang nhân bản, dọn dẹp hoặc định lượng.

• Quay nhanh: 5 - 10 phút chạy ở 25 - 30 V/cm

• Dải sắc nét: Độ phân giải cao ngay cả ở cường độ trường cao

• Khả năng tương thích hạ lưu: Không ảnh hưởng đến quá trình phục hồi gel hoặc thắt

• Phục hồi cao hơn: Thường xuyên vượt quá hiệu suất khôi phục TAE / TBE

• Dung lượng đệm có thể tái sử dụng: Bộ đệm mạnh mẽ cho nhiều mục đích sử dụng

• Cài đặt nhanh

Pha loãng dung dịch đệm 1:50 để chuẩn bị dung dịch làm việc 1x (ví dụ: 20 mL 50x vào nước cất 980 mL). Bảo quản 1x ở nhiệt độ phòng. Để có độ nhất quán tốt nhất, hãy sử dụng cùng một mẻ 1x để đúc và chạy gel; Trộn các lô khác nhau có thể làm thay đổi độ bền đệm ở giao diện gel. Không pha loãng dưới 1x - điều đó dẫn đến di chuyển bất thường.

Điều kiện hoạt động

Chạy ở chiều dài gel 25 - 30 V / cm và điều chỉnh dựa trên hình dạng bể và hành vi nhiệt của bạn. Như với bất kỳ cuộc chạy trường cao nào, hãy xác nhận giới hạn nguồn điện của bạn; Nếu dòng điện hoặc voltage trôi xuống, hãy kiểm tra xem thiết bị có đang giới hạn dòng điện hoặc công suất hay không. Nhuộm rất linh hoạt: thêm thuốc nhuộm vào gel hoặc vết bẩn sau khi chạy - cả hai đều có tác dụng.

• An toàn và ổn định

Chạy liên tục hoặc nhiệt độ môi trường cao có thể làm tăng nhiệt độ đệm. Nếu cần, hãy làm nguội thiết bị hoặc đặt thiết bị trên đá để bảo vệ độ phân giải. Thay thế bộ đệm định kỳ để duy trì độ chính xác. Bảo quản cả dung dịch 50x và 1x dung dịch làm việc ở nhiệt độ phòng; Trong các điều kiện khuyến nghị, độ ổn định ít nhất là 12 tháng kể từ khi nhận. Như mọi khi, hãy mặc áo khoác phòng thí nghiệm và găng tay dùng một lần. Sản phẩm này được thiết kế để nghiên cứu sử dụng bởi các chuyên gia.

Lợi ích trong thế giới thực và cách bắt đầu

Khi tốc độ đáng tin cậy, mọi thứ ở hạ nguồn sẽ được cải thiện. Gel 5 - 10 phút cho phép bạn kiểm tra PCR, điều chỉnh chuẩn bị thư viện hoặc xác nhận thắt dây mà không làm trật bánh cả ngày. Đối với các nhóm có thông lượng cao, gel nhanh hơn sẽ thông tắc hàng đợi và tăng thông lượng. Điều đó có nghĩa là nhiều dữ liệu hơn trước bữa trưa - và ít phát lại buổi tối hơn.

Tại Longlight Technology, chúng tôi đã xây dựng bộ đệm này để giúp các nhóm rút ngắn vòng lặp giữa giả thuyết và kết quả. Trong quá trình triển khai thí điểm, các phòng thí nghiệm đã báo cáo dải sạch hơn ở các trường cao hơn, chuyển giao trơn tru hơn để buộc và cải thiện năng suất chiết xuất gel so với các dung dịch đệm cũ. Khả năng tái sử dụng và định dạng 50x đậm đặc cũng hỗ trợ kiểm soát chi phí: một chai đi một chặng đường dài và dung lượng đệm mạnh có nghĩa là ít hoán đổi hơn giữa chừng.

Các phương pháp hay nhất để điện di axit nucleic nhanh chóng

• Đúc và chạy với cùng một lô 1x để đảm bảo tính nhất quán.

• Bắt đầu từ 25 V / cm, sau đó di chuyển về phía 30 V / cm khi thiết lập của bạn cho phép.

• Xem nhiệt độ đệm trên các chuỗi chạy dài hơn; Làm mát khi cần thiết.

• Giữ điện áp dưới 200 V nếu bạn thả gel đúc TAE / TBE vào bộ đệm nhanh; Điện áp rất cao có thể làm sai lệch kết quả trong trường hợp đó.

• Nơi nó tỏa sáng

Chạy xác minh ngắn, kiểm tra nhanh trong quá trình nhân bản, sàng lọc hàng chục bộ khuếch đại PCR và tăng tốc quy trình làm việc RNA thường thu thập dữ liệu trong các hệ thống truyền thống. Nếu nhóm của bạn dành nhiều thời gian chờ đợi gel hơn là hành động dựa trên kết quả, thì lợi ích là ngay lập tức.

Suy nghĩ về Fina

Bạn đã sẵn sàng cắt giảm thời gian điện di axit nucleic của bạn xuống còn 10 phút - mà không đánh đổi sự rõ ràng hoặc phục hồi? Nói chuyện với Longlight Technology ngay hôm nay để yêu cầu mẫu, nhận mẫu SOP hoặc xem xét khả năng tương thích cho hộp gel của bạn. Hãy biến gel chạy từ nút thắt cổ chai thành một trạm kiểm tra nhanh chóng và tiếp tục các thí nghiệm của bạn.